Els orígens de l'actual Fundació Hospital de l'Esperit Sant es remunten al 23 d'abril de 1917, quan el rector de la parròquia de Sant Adrià de Besòs, Mn. Josep Pons i Rabadà, i el Dr. Jordi Anguera i Cailà van crear un sanatori antituberculós a la masia La Torre Roja, situada a Santa Coloma de Gramenet, al límit amb Sant Adrià de Besòs.
El dinamisme de Mn. Pons i Rabadà i de l'Asociación del Espíritu Santo, gestora del sanatori, van mobilitzar la societat civil de Barcelona, que va finançar nou edifici, inaugurat el 1922 i que seria el futur pavelló de dones (pavelló A), amb capacitat per a 90 llits. Poc després, van aconseguir fons per construir el pavelló d'homes (pavelló B), que va començar a funcionar el 1930. L'Hospital va anar consolidant el seu prestigi tècnic i va esdevenir un dels centres més avançats d'Europa en el tractament de la tuberculosi. Els primers tractaments quirúrgics registrats són del 1932.
El 1936 la CNT va prendre l'Hospital i el va rebatejar com a Sanatori Maxim Gorki. Durant la guerra civil va ser utilitzat com a hospital de sang i, en finalitzar el conflicte, va ser confiscat pel Patronato Nacional Antituberculoso, que el va retornar l'any 1945 completament descapitalitzat. A finals de la dècada, s'hi va posar en marxa un dispensari basat en els principis de lluita activa contra la tuberculosi.
Els orígens de l'actual Fundació Hospital de l'Esperit Sant es remunten al 1917, quan Mn. Josep Pons i Rabadà i el Dr. Jordi Anguera i Cailà van crear un sanatori antituberculós.
L'extensió dels antibiòtics als anys 60 va permetre controlar la malaltia. Per aquest motiu, el centre va anar decantant la seva activitat cap a la cirurgia, especialment la toràcica, i el 1972, va posar en marxa el servei de Cirurgia General. Es va aconseguir un concert amb la Seguretat Social, fita que va canviar el rumb del centre.
El 1973 es va constituir la Fundació Hospital de l'Esperit Sant, que, a partir del 1978, va iniciar el procés de conversió en Hospital General. Des d'aquesta data, el creixement va ser constant, amb la modernització i ampliació progressiva de les instal·lacions i dels serveis i especialitats. Quan, al 1992, van tenir lloc els actes del 75 aniversari del centre, ja existia un projecte per construir un nou hospital i el compromís per part de la Generalitat de Catalunya de fer-lo realitat.
El juliol de 1985 es va formalitzar el reconeixement de la Xarxa Hospitalària d'Utilització Pública de Catalunya (XHUP) per tal d'oferir als hospitals estabilitat i viabilitat econòmica i exigir-los garanties d'eficàcia, qualitat i control de costos. La FHES s'hi va adherir juntament amb una seixantena de centres hospitalaris de tot Catalunya.
El 1997 la FHES es va convertir en hospital docent associat a la Facultat de Medicina de la Universitat de Barcelona. La formació sanitària especialitzada MIR, però, no arribaria fins l'abril de 2004, quan el centre va aconseguir l'acreditació per formar residents de Cirurgia Ortopèdica i Traumatologia i Medicina Interna.
Les obres del Nou Hospital es van iniciar l'octubre de 2002 en un terreny adjacent al centre. El nou edifici, de 26.388 m2, es va posar en marxa en dues fases. L'àrea de Consultes Externes es va obrir el 16 de gener de 2006 i posteriorment, el mes de juny de 2007, es va realitzar el trasllat definitiu al Nou Hospital. El canvi va suposar la incorporació de nous serveis, una millora en el confort dels usuaris i treballadors i, consegüentment, un canvi cultural en l'organització.
Durant aquests anys s'han anat reforçant les relacions amb les institucions sanitàries del territori, com l'Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, l'Hospital Municipal de Badalona, els Centres Assistencials Dr. Emili Mira i López (Torribera), l'Atenció Primària, el Banc de Sang i Teixits o l'Institut Català d'Oncologia, així com els ajuntaments i entitats socials de la zona.
L'any 2017, l'Hospital va assolir seus 100 anys d'història, efemèride que va celebrar amb un extens programa d'actes adreçats a treballadors i ciutadania.